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Exoma: Qual é a real precisão desse exame?

Exoma, podemos estar perdendo grandes porções do DNA e impedindo um diagnóstico adequado.

Se os médicos suspeitam que uma pessoa tem uma doença genética, tornou-se simples sequenciar todas as regiões codificadoras do genoma de uma pessoa; o que costumava ser um processo incrivelmente demorado e trabalhoso agora se tornou uma parte mais rotineira da assistência médica. Para crianças pequenas e bebês com doenças misteriosas que provavelmente têm uma causa genética isso tem sido bastante utilizado. No entanto, novas pesquisas sugeriram que essa metodologia de sequenciamento, chamada sequenciamento total do exoma , pode estar perdendo grandes porções do DNA codificador de proteínas e pode estar impedindo os médicos de fazer um diagnóstico adequado.

Uma re-análise de testes clínicos de três grandes laboratórios dos EUA mostrou que o sequenciamento completo do exoma falhou rotineiramente na análise adequada de grandes segmentos de DNA. Os especialistas da UT Southwestern que conduziram a revisão dizem que os resultados são indicativos de um problema generalizado para os laboratórios clínicos. 

Este estudo, que foi relatado na Clinical Chemistry , mostrou que os laboratórios que realizam o sequenciamento completo do exoma tendem a analisar menos de três quartos dos genes codificadores e mostraram que existem grandes lacunas em suas habilidades de diagnóstico para certas doenças. Os autores do estudo estão preocupados com a qualidade dos testes genéticos.

“Muitos dos médicos que solicitam esses testes não sabem que isso está acontecendo”, disse Jason Park, MD, Ph.D., professor associado de patologia da UT Southwestern. “Muitos de seus pacientes são crianças pequenas com distúrbios neurológicos e desejam fazer o diagnóstico mais completo. Mas eles não percebem que o sequenciamento completo do exoma pode perder algo que um teste genético mais direcionado encontraria”.

Existem cerca de 20.000 genes que codificam proteínas no genoma, o que representa apenas dois por cento do nosso material genético. No entanto, analisar todos esses genes completamente é um desafio, e pode haver descuidos, observou Park. Cerca de metade das análises de sequenciamento total do exoma não encontra uma mutação genética realizada pelo paciente, e este estudo pode ajudar a mostrar o porquê.

Após reavaliar o teste do exoma para 36 pacientes, realizado entre 2012 e 2016 em três laboratórios nacionais, os pesquisadores encontraram grandes diferenças. Um gene ‘completamente analisado’ teria sua região codificadora sequenciada pelo menos vinte vezes por teste. O estudo mostrou que menos de 1,5% dos genes foram completamente analisados ​​nas 36 amostras. Em um laboratório, pelo menos 28% dos genes não foram completamente analisados ​​e apenas 5% definitivamente foram. Outro laboratório analisou completamente apenas 27% dos genes. 

“E as coisas realmente começam a desmoronar quando você começa a pensar em usar esses testes para descartar uma doença”, disse Park. “Um resultado negativo do exoma não tem sentido quando muitos dos genes não são analisados ​​completamente”.

Cada laboratório tinha uma chance diferente de diagnosticar um distúrbio epilético. Um laboratório estava verificando a maioria dos genes relacionados à epilepsia na maioria dos pacientes, embora três de suas amostras de pacientes tivessem coberto apenas cerca de 40% desses genes. Outro laboratório estava verificando apenas cerca de 20% desses genes completamente. 

“Quando vimos esses dados, tornamos uma prática regular perguntar aos laboratórios sobre a cobertura de genes específicos”, disse o correspondente autor do estudo, Garrett Gotway, MD, Ph.D., geneticista clínico da UT Southwestern. “Não acho que você possa esperar uma cobertura completa de 18.000 genes todas as vezes, mas é justo esperar 90% ou mais”.

Outro trabalho revelou problemas semelhantes com um tipo diferente de ferramenta de sequenciamento, o sequenciamento de genoma inteiro. Os pesquisadores esperam que mais médicos exijam melhores padrões de teste para seus pacientes.

“Os exomas clínicos podem ser úteis em casos complexos, mas você provavelmente não precisará de um, se uma criança tiver epilepsia e não tiver outros problemas clínicos complicadores”, disse Gotway. “Há uma chance decente de que o teste do exoma volte negativo e os pais ainda se perguntam sobre a base genética da doença de seus filhos”.

Gotway sugeriu que o uso de testes genéticos que se concentram em um painel de genes relacionados à doença que sejam apropriados para um paciente pode ser a melhor maneira de procurar uma mutação causadora de doença. Esses testes podem ser mais baratos e melhores para revelar erros genéticos que causam doenças.

Fonte: Clinical Chemistry

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1 de março de 2020

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