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O Foco dos Pesquisadores no Genoma do SARS-CoV-2

O foco dos pesquisadores no mundo todo é o sequenciamento do genoma do coronavírus de forma rápida para assim, conseguir diagnósticos confiáveis.

Técnicas Utilizadas no Diagnóstico

PCR:

Vários grupos internacionais têm trabalhado com esses dados do genoma para projetar primers para testes de reação em cadeia da polimerase (PCR) para apoiar laboratórios globais de saúde pública na ausência de um teste comercial para SARS-CoV-2 (anteriormente 2019-nCoV). 

O grupo de pesquisa do Dr Christian Drosten, do Instituto de Virologia do Hospital Universitário Charité, em Berlim, em conjunto com colaboradores da Europa e Hong Kong, publicou um teste e um fluxo de diagnóstico por PCR em tempo real (RT-PCR) em 23 de janeiro (artigo 1), que detecta o SARS-CoV-2 e o distingue do SARS-CoV. O grupo verificou o teste na ausência de isolados de SARS-CoV-2 ou amostras de pacientes, mas confirmou sua especificidade comparando com 297 amostras clínicas de pacientes com várias outras infecções respiratórias. 

O teste de PCR é altamente sensível, se preparado corretamente e com os reagentes e primers adequados.

As falhas podem ocorrer em várias etapas desde o momento da coleta das amostras, passando pela extração do DNA, reagentes vencidos ou de péssima qualidade, falta de controle de qualidade, treinamento inadequado dos manipuladores bem como falhas na análise do resultado.

O grande problema são os falsos negativos ou positivos – dependendo da manipulação pode ocorrer contaminação cruzada, ou não ocorrer a amplificação do DNA mesmo em pacientes infectados.

Outro ponto de falha que irá afetar diretamente o resultado é a cinética do viral do SARS-CoV-2. Cientistas ainda estão testando qual o melhor momento para fazer o teste, bem como quais tipos de amostras clínicas são ideais. 

O grupo liderado pelo pesquisador Yan Li, avaliou amostras com um kit RT-PCR baseado em fluorescência distribuído pelo Centro Chinês de Controle e Prevenção de Doenças, os dados sugerem que os swabs nasofaríngeos oferecem maior reprodutibilidade dos resultados do que as amostras de escarro (Artigo 2).

Sequenciamento:

A empresa IDbyDNA utiliza a análise de metagenômica (é o processo pelo qual envolve o sequenciamento (genoma) de todo o DNA extraído de uma amostra, seguido pela montagem de leituras de sequências ou o mapeamento para um banco de dados de referência seguido de anotação dos genes). Os testes de sequenciamento são bem mais caros que os testes de PCR, mas com o avanço da tecnologia e bioinformática esses custos estão reduzindo drasticamente.

SARS-CoV-2 na América Latina – BRASIL

Pesquisadores do Instituto Adolfo Lutz e das universidades de São Paulo (USP) e de Oxford (Reino Unido) publicaram a sequência completa do genoma viral do primeiro caso confirmado na América Latina (Artigo 3), o sequenciamento foi finalizado em dois dias.

Foram escolhidos como instituições de referência para atender os casos graves no Estado o Instituto de Infectologia Emílio Ribas e o Hospital das Clínicas da USP.

Esses artigos e textos relatam as novas pesquisas que ainda precisam ser avaliadas e validadas e, portanto, não devem ser usadas para orientar a prática clínica.

Banco de Dados com a Sequencia 

Acesse As tabelas das sequências do SARS-CoV-2 disponíveis no GenBank e no Sequence Read Archive (SRA).

SARS-CoV-2 (Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2) Sequences

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/sars-cov-2-seqs/

 

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Referências:

Artigo 1:

Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR separator commenting unavailable

Victor M Corman et al. Euro Surveill. 2020;25(3):pii=2000045. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045

https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045

Artigo 2:

Clinical diagnosis of 8274 samples with 2019-novel coronavirus in Wuhan. Ming Wang et al. medRxiv 2020.02.12.20022327; doi: https://doi.org/10.1101/2020.02.12.20022327

https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.12.20022327v2

Artigo 3:

First report of COVID-19 in South America. Novel 2019 coronavirus nCoV-2019 Genomic Epidemiology

http://virological.org/t/first-report-of-covid-19-in-south-america/409

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